在路上：利用基因改造细菌，征服疾病

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Nature：基因改造细菌用于疾病治疗的进展与挑战

Nature[IF:40.137]

① 进入试验阶段的非定植型工程菌制剂包括：分别用于治疗苯丙酮尿症、降低血氨的大肠杆菌，分别用于预防口腔溃疡、产生胰岛素前体和增强细胞应答的乳酸乳球菌；② 通过在乳杆菌中表达人源基因，增强其在..内预防HIV传播的功能，可用于开发定植型工程菌疗法；③ 细菌疗法的效果可能不如药物直接；④ 细菌间的基因交流能力可能导致插入基因不受控制地扩散，成为安全隐患；⑤ 细菌制剂的安全性以及定植型和非定植型的剂型选择有望通过实验来评估。

Genetically modified bacteria enlisted in fight against disease

06-21  DOI: 10.1038/d41586-018-05476-4

Nature子刊：在IBD风险基因座中寻找潜在致病基因

Nature Communications[IF:12.124]

① GWAS鉴定出了超过200个与炎症性肠病（IBD）相关的风险基因座；② 通过大型转录组数据集鉴定了23650个顺式-表达数量性状基因座（cis-eQTL），由约9720个调控模块决定；③ 确定了驱动63个IBD相关基因座（包含99个候选基因）的疾病相关性的调控模块，多为多基因调节模块；④ 基于以上分析在6600例克罗恩病（CD）病例和5500例对照中对候选基因中的45个进行重新测序；⑤ 其中可能包括致病基因，但需要≥10倍的样本量来证明单个基因的因果关系。

IBD risk loci are enriched in multigenic regulatory modules encompassing putative causative genes

06-21  DOI: 10.1038/s41467-018-04365-8

Science子刊：线粒体怎样调控肠道屏障中淋巴细胞的活化状态

Science Immunology[IF:N/A]

① 上皮内淋巴细胞（IEL）位于肠道绒毛的上皮细胞及固有层的淋巴细胞之间，其活化受到严格调控；② IEL在静息态下处于一种预活化状态，但在活化后，大多数IEL维持在静息态，仅有部分IEL快速增殖，杀伤靶细胞并分泌细胞因子；③ IEL中线粒体膜上的脂质变化，特别是心磷脂的组成变化，调控IEL的活化状态；④ 在炎症状态下，心磷脂组成改变以支持IEL增殖及效应功能。

Mitochondria maintain controlled activation state of epithelial-resident T lymphocytes

06-22  DOI: 10.1126/sciimmunol.aan2543

Lancet子刊：可安全有效治疗慢性便秘的新药——elobixibat

The Lancet Gastroenterology and Hepatology[IF:N/A]

① 133名慢性便秘患者随机分为2组，70名使用elobixibat治疗，63名使用安慰剂，持续2周；② Elobixibat治疗组患者的每周自发排便频率显著高于安慰剂组；③ 341名慢性便秘患者接受52周的elobixibat治疗，48%的患者出现药物不良反应；④ 在2项临床试验中，最常见的药物不良反应为轻微腹痛及腹泻；⑤ Elobixibat可在短期内缓解便秘，并具有短期及长期安全性，可通过增加结肠内的内源性胆汁酸浓度以治疗慢性便秘。

Safety and efficacy of elobixibat for chronic constipation: results from a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial and an open-label, single-arm, phase 3 trial

05-24  DOI: 10.1016/S2468-1253(18)30123-7

复旦大学：抗病毒治疗可改变HIV感染者的肠道菌群

Emerging Microbes and Infections[IF:5.605]

① 选取36名未接受过联合抗逆转录病毒治疗（cART）的HIV-1感染者；② 相对于CD4+ T细胞数量大于300/mm的患者，CD4+ T细胞数量小于300/mm的患者粪便菌群物种α多样性显著降低；③ CD4+ T细胞数量与菌群的α多样性、指示菌群易位及炎症的特定血浆生物标记物显著相关；④ cART治疗后，CD4+ T细胞数量小于300/mm的患者的粪便菌群物种α多样性恢复；⑤ cART治疗后，CD4+ T细胞数量大于300/mm的患者肠道菌群组成发生变化，特定血浆炎症标志物升高。

Changes in intestinal microbiota in HIV-1-infected subjects following cART initiation: influence of CD4+ T cell count

06-22  DOI: 10.1038/s41426-018-0117-y

盲肠菌群多样性研究有助于鸡育种

Microbiome[IF:8.496]

① 通过16S rDNA扩增子测序确定印度土鸡的盲肠菌群，并与全球性的商品肉鸡进行比较；② 属水平上，鸡盲肠菌群主要包括拟杆菌属、未分类细菌、未分类梭菌目、梭菌属、Alistipes属、柔嫩梭菌、真杆菌属和劳特氏菌属；③ 地理位置和鸡品系/品种都对盲肠菌群组成有显著影响；④ 在控制条件下，两个不同位置饲养的鸡品系中发现了42个品种特异性盲肠菌群生物标记；⑤ 鸡盲肠菌群的品系特异性，为基因定量分析和培育具有明确肠道菌群的鸡品系提供可能。

Microbial diversity and community composition of caecal microbiota in commercial and indigenous Indian chickens determined using 16s rDNA amplicon sequencing

06-23  DOI: 10.1186/s40168-018-0501-9

菌群研究中的可重复性问题及解决方法

mBio[IF:6.956]

① 菌群研究中，由科学文化导致的可重复性问题是科学家长久试图解决的一大难题；② 建立清晰的结果判定框架可解决危机；③ 结果不仅要能在同一实验体系中用同样（再现性）或不同样（稳健性）方法重复时一致，也要能在不同实验体系中用同样（可复制性）或不同样（普遍性）方法重复时一致；④ 要改善再现性和可复制性，需注重研究人员..，也需各人独立研究，为新手着想，熟悉自己近期文章细节，在组内审查再现性并改善组内研究模式。

Identifying and Overcoming Threats to Reproducibility, Replicability, Robustness, and Generalizability in Microbiome Research

06-05  DOI: 10.1128/mBio.00525-18

微生物组研究需标准化（综述）

Drug Discovery Today[IF:6.369]

① 宏基因组学加速了微生物组多样性的鉴定，推动其在医疗方面的应用，但仍未达到成熟标准；② 微生物组研究需清晰的科学目标，考虑实验设计和数据生成及分析中可能出现的问题，并按需使用不同的计算性方法，如标记基因测序，基因枪测序及各类下游数据分析；③ 多国组织合作促进微生物组样品采集和处理方法的标准化，现发现DNA提取是各实验室间的主要误差操作；④ 实验操作一致、信息最大化记录、独立验证结果及众筹等都可促进微生物组学发展。

Interrogating the microbiome: experimental and computational considerations in support of study reproducibility

06-08  DOI: 10.1016/j.drudis.2018.06.005

来源：热心肠研究院