北京新发地市场聚集性疫情病毒来自何方？最新结论来了

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2020年6月11日，1例新冠病毒传染患者突现，打破了北京一连56天无新增病例的平静。该患者立时就被收治，病情也很快获得掌握，然则他从何处传染了病毒，却成了一个谜。

连系指示病例的风行病学查询和大数据剖析，经由对其所到区域和接触人员的排查，本市继而发现，2份来自北京新发地市场的情况样本呈现新冠病毒核酸阳性。随后，新发地市场538名员工接管病毒核酸筛查，又有45人呈阳性。新发地市场立即成为存眷的核心，北京市有关部门武断对该市场接纳封闭办法，以有力遏止疫情的舒展。

6月中旬，北京进一步推进核酸筛查，共发现368人新冠病毒核酸阳性。这些传染者均与新发地市场有直接或许间接关系：个中169人是新发地市场的工作人员，103人于5月30日至6月12日时代去过新发地市场，其余96人均为上述人员的接触者。未发现自力于该市场的早期流传链或自力流传链，提醒新发地市场是此次疫情暴发的单一泉源。

新发地综合生意大厅负一层（牛羊肉厅）传染工作人员分布。

连系新发地市场风行病学查询，研究人员初步确定综合生意大厅地下一层（牛羊肉大厅）水产区S14号摊位或者是传染的泉源：S14号摊位的7位工作人员均为新冠确诊病例，且症状显现时间相对较早。凭据风行病学模型揣摩的疫情起头时间局限内，共有5位顾客新冠抗体检测阳性，且这5位顾客都到访过S14号摊位。这5位顾客及其亲切接触者在曩昔14天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员，进一步提醒疫情是由新发地市场向别传播。

新发地市场群集性疫情中的病例和情况样本中获抱病毒基因组序列剖析表明其病毒序列具有显着的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不沟通，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。

研究团队进一步行使自立斥地的低病毒载量样品处理方式，对110个病例和情况样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。剖析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点，这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T突变位点之外，具有另外7个突变位点的病毒首要存在于欧洲。这些究竟进一步提醒本次疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。

新发地疫情中的病例和情况样本中获抱病毒基因组序列剖析表明其病毒序列具有显着的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不沟通，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。

综合上述究竟，同时确认S14号摊位的工作人员未接触过疑似或确诊新冠病毒传染者，且5月至6月初期北京也无申报新增传染病例，提醒病毒极或者起原于境外输入。进一步骤查显露，S14号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是独一来自境外的商品，且摊主曾于5月30日从某供给商处采买过从存在新冠病毒疫情国度进口、包装完整的三文鱼，在市场内切割处理后零售。为此，研究人员对新发地市场内所有三文鱼供给商的冷库进行了采样检测，发现某供给商有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性，个中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和情况样本中的病毒高度同源。

因未能从鱼体上星散获得活病毒，是以尚无法证实鱼体上的病毒活力。然则将高质量病毒基因组序列特征剖析与风行病学查询连系，提醒来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有或者为本次新发地市场群集性疫情病毒泉源。在文章揭橥过程中，中国疾控中心申报从青岛获取的冷链食品平分离出新冠病毒，进一步提醒冷链食品或者是新冠病毒流传的主要途径。研究对于揭示北京新发地市场群集性疫情的病毒起原供应了主要证据，为优化疫情常态化防控策略供应了主要依据。

研究中，多家机构开展精诚合作。个中，北京市疾病预防掌握中心新冠病毒肺炎防控和检测组介入完成现场查询、样本采集和核酸筛查。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟、任丽丽研究团队在P3实验室完成了样品的核酸测序前处理流程。清华大学王建斌课题组与北京大学黄岩谊课题组成长的快速基因组测序样品处理方式为本次疫情要害样品的正确快速病毒测序供应了手艺根蒂和实验支撑。中国科学院北京基因组研究所李明锟课题组完成了对要害样品序列的剖析。

北京市疾病预防掌握中心主任医师庞星火、主管医师吴双胜，中国医学科学院病原生物学研究所研究员任丽丽和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文配合第一作者。（记者 任敏）

图片来自清华大学构造生物学高精尖立异中心公家号