一般根据药物 FDA 分级、药物说明书（里面除孕妇使用禁忌还有药物半衰期等信息）、月经情况，以及胚胎组织器官的发育时间来计算药物致畸可能性。
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但在进行用药咨询时，还应注意一些特殊的药物。

1.  利巴韦林、异维 A 酸：有严重的致畸作用，至少避孕 3 个月。

2.  麻疹疫苗：是减毒疫苗，有一定毒性，也需要避孕 3 个月。

3.  乙醇：对胎儿的危害特别是神经系统，贯穿妊娠整个阶段。

4.  吲哚美辛：妊娠前 3 个月属于 B 类用药，但妊娠后 3 个月可导致胎儿动脉导管闭锁，引起持续性的肺动脉高压，属 D 类禁用药。

5.  维生素（A、B、C、D）属于 A 类用药，但大剂量的维生素也可能引起畸形、智力障碍等，要适可而止。

妊娠本就是一个复杂的过程，即使正常的妊娠，在分娩时也可能出现一定比例的出生缺陷。一部分孕妇视妊娠期用药为洪水猛兽，极端者甚至拒绝治疗，以至于延误病情。出于紧张的医患关系，一部分医生在有风险时也会劝告孕妇选择人工流产, 这不仅使孕妇接受了不必要的手术, 也给患者生育埋下了隐患。

在妊娠用药管理上，临床医生和药师应该紧密合作，虽不能保证绝对的出生安全，但从专业角度向患者提出合适的建议是应该且负责任的行为。

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